无菌包装包括包装材料的杀菌灭菌处理、包装内容物食品的无菌化处理以及包装环境的无菌化处理。目前常用的包装材料灭菌方法主要有药物灭菌和紫外线灭菌等，可以说是食品包装走向无菌化的两大利器。
一、在药物灭菌中所用的杀菌剂必须是杀菌能力强、对设备无腐蚀、在杀菌过程中不会产生有害物质且在包装材料中残留物少的药物。
目前最常用的杀菌剂是过氧化氢，一般称之为双氧水。过氧化氢的杀菌能力是与其浓度和温度相关的，浓度越高、温度越高其杀菌的能力也越好。常用于杀菌的双氧水浓度为25%到30%,温度为60到65摄氏度。用过氧化氢杀菌应该结合加热处理，因为过氧化氢受热从材料表面蒸发时其杀菌效力会更好。
用双氧水对包装容器进行杀菌，是将包装容器在双氧水中浸渍或者直接将双氧水喷射在包装容器上进行杀菌，然后再对它们进行热辐射从而使残留在包装容器上的双氧水与热空气一起完全蒸发分解成无害的水蒸气和氧。
二、一般而言，紫外线的灭菌效果与紫外线的波长、照射度以及照射时间相关，波长在250到360纳米左右时作用最强烈。
紫外线的杀菌原理主要是，由于紫外线照射后微生物细胞内的核酸产生了化学反应，从而引起微生物的新陈代谢障碍，使其失去了增殖能力。紫外线杀菌是无菌包装或清洁包装较为有效的方法之一，它具有不残留药剂、安全性高、使用方法简便、成本低等优点。但与双氧水相比，它的杀菌效果不是很好，一般应与其他杀菌方法联合使用。
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