2016年，深圳口岸入境水果货值22.58亿美元，同比增长17.97%，连续多年保持较快增长。入境水果种类繁多，主要有榴莲、樱桃、葡萄等。
检出不合格水果5624批，货值不合格率10.08%，同比上升0.91个百分点；截获各类疫情135种、32793种次，其中检疫性有害生物7种，2043次。抽取新鲜水果风险监控，在泰国龙眼中检测出二氧化硫含量超标；从泰国椰色果中检出克百威超标；从菲律宾香蕉中检出两批多菌灵残留超标；从澳大利亚柑橘中检出氧乐果超标；从泰国冷冻榴莲肉中两次检出沙门氏菌超标。
为确保进口水果安全卫生快速通关，深圳检验检疫局采取多项有效监管措施：一是实行“预通关”措施，对诚信良好的企业，允许其先通关后查验，将检验检疫查验提前到与报关同步进行，从而加快通关效率。二是开通“绿色通道”，对到港水果实施优先吊柜查验，缩短时间确保水果品质保鲜。三是对同一地区、同一品种、同一发货人的“三同”水果实施合并吊柜查验措施，减少吊柜次数，缩短查验时间，加快通关速度。四是实行无纸化改革，简化业务流程，内部签证流程全程电子化，进一步提高通关便利化水平和货物通关效率，降低企业成本，促进深圳各口岸水果贸易发展。
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