多家大型乳企以两位数的增速秀出年报时，三元去年的业绩却十分惨淡。三元股份4月9日晚发布年报，2013年归属上市公司股东净利润亏损2.27亿元，同比增速为－790.64%。分析认为，单一的高端产品受到挤压以及并购三鹿难以消化是主因。
对于去年净利亏损，三元股份认为，主要是由于原材料价格上涨以及公司投资收益同比下降。公告称，去年奶源短缺，原辅材料价格上涨，乳品行业增幅放缓，公司经历了较为困难的一年。
但对比伊利、蒙牛、光明等大型乳企来看，三元以整个行业的问题来解释其净利大幅亏损显得牵强。在奶源短缺，原材料价格普遍上涨的大背景下，蒙牛去年净利为16.3亿元，同比增长25.2%；光明去年净利润4亿元，同比增30.43%；伊利业绩预告显示，去年净利同比增8成。
乳业研究员宋亮表示，在奶源短缺，原料价格上涨的情况下，三元的产品结构升级能力较差。从伊利、蒙牛、光明来看，虽然也面临相同的问题，但他们的附加值高的高端产品较多，高附加值产品能够将成本上涨压力消化掉，而三元高附加值产品单一，高端产品没有打造起来，中低端产品的销售也在下降，其市场份额受到伊利、蒙牛等国内大品牌和外资品牌的共同挤压。
北京一直是三元的“主场”，从年报数据来看，北京地区的营业收入增速仅为2.37%。宋亮表示，在蒙牛和伊利打开北京市场之前，三元的份额大概在90%以上，而2004年左右，北京市场被其他大型乳企和外资品牌打开后，三元的市场份额一直在下降，目前约为40%左右。
收购三鹿而无力消化成为拖累三元业绩的另一直接原因。宋亮表示，三元当时收购三鹿是看中其在奶粉行业强大的产能，但三聚氰胺事件后，三鹿市场份额下降为零，失去了原有的销售渠道，产品滞销，造成亏损。三元对于此次收购一直处于消化不良状态。
从财报来看，几乎所有的三元子公司都处于亏损的现状。