1.采收
采收的标准是菌盖轻微展开，鲜销的金针菇应在菌盖6～7分开时采收，不宜太迟，以免柄基部变褐色，基部绒毛增加而影响质量。
2.分级
(1)一级菌盖呈半圆球形，直径0.5～1.3厘米，柄长14～15厘米，整齐度80%以上，无褐根，无杂质。
(2)二级菌盖未开伞，呈半圆球形，直径1.2～1.5厘米，柄长13～15厘米，柄基部浅黄至浅褐色，有色长度不超过1.5厘米，无杂质。
(3)三级菌盖直径1.5～2厘米，柄长10～15厘米，柄基部黄褐色占1/3，无杂质。
3.暂时贮存
金针菇不耐鲜贮，采收后需尽快处理，暂时存放应放在低温黑暗处，将菇体摊薄，禁止堆积，严禁向菇体洒水。
4.初加工
将菇体检验杂质后在冷水中冲选两遍，取出至不滴水，然后放入沸水中(不能用铁、铜锅)煮沸5～10分钟，捞出，冷水冲洗后放入0.1%～0.2%的柠檬酸水中，送往罐头加工厂。
5.盐渍
(1)预煮把5%～10%食盐水置于铝锅内煮沸，倒入金针菇，煮沸5～7分钟，捞出沥去水分。
(2)盐渍每100公斤菇加入25～30公斤食盐。先在缸底放一层盐，加一层菇，反复至缸满，再注入煮沸后冷却的饱和食盐水，使菇浸泡在食盐水中，再加入调整液，使溶液pH值达3.5左右，不足用柠檬酸调节。
(3)管理冬天7天翻缸一次，共3次；夏天2天一次，共10次。一般盐渍20天即可装箱外运。
6.制罐头
把优质的金针菇放在开水中烫几分钟捞起，进行脱色，然后放在生理盐水中，制罐，高压灭菌消毒，即制成罐头。其工艺为：采收→挑选→杀青→冷却→分装→加液→排气→压盖→杀菌(123～130℃，30分钟～90分钟)→冷却→保温(38℃)→检验→成品。
7.塑膜真空包装
采用聚丙烯塑料膜包装，用高频抽气机密封，低温保藏，在1℃环境中可保鲜20天，7～8℃保鲜10天。
8.干制
把鲜金针菇晒干或烘干至含水量10%～12%。晒干的金针菇色较深，不耐久藏。烘干的金针菇色泽好，质量高，但成本高，耐久藏。