日本人的平均寿命很长，在85岁左右，引起了世界的广泛关注，经过调查研究之后发现，因为日本人长期食用纳豆作为营养补充，纳豆含有人体所必需的22种微量元素，18种氨基酸，10种矿物质，这些营养物质为强身健体延年益寿提供了帮助。
纳豆可以调节血糖，清洁血液垃圾，软化血管，加速血液循环，抗疲劳，同时还可以溶解血栓，预防和改善心脑血管疾病，调节血脂，血压，能够预防治疗高血压疾病，减少和降低血液粘稠度，对心脑血管疾病都有很大的帮助。纳豆激酶，是日本医科大学博士在纳豆中发现的一种纳豆发酵物，它溶解血栓的速度是普通溶栓物的47倍，这种活性物质可以可以清除体内致癌物质、提高记忆力、护肝美容、延缓衰老等有明显效果，并可提高食物的消化率;摄入活纳豆菌可以调节肠道菌群平衡，预防痢疾、肠炎和便秘。
通过服用纳豆，可以促进其它有益菌增殖，这些益生菌可以帮助人们进行新陈代谢，燃烧脂肪，达到减肥的效果。同时因为纳豆中的益生菌可以吞噬葡萄糖和粘物质，而且纳豆中的高弹性蛋白酶还可以抑制了血糖增加，从而达到降低血糖的作用。
纳豆中的益生菌不会被胃酸所溶解消耗，反而可以很快的在肠道内繁殖，产生有益菌，一直肠道内的有害菌和病毒，使肠内菌群达到一个有利健康的动态平衡，迅速解决便秘、肠炎、腹泻问题。
纳豆中包含大豆异黄酮和维生素K2。大豆异黄酮能防止骨中钙的溶解，而维生素K2则能够将钙固定于骨中。也就是说，大豆异黄酮和维生素K2的组合能相互协力，起到强骨的作用。因此老年人每天吃纳豆，长期以来可以强筋健骨，缓解骨质疏松。
纳豆是由大豆经过发酵制成的，大豆中含有的大豆异黄酮是主要的植物雌激素之一，具有弱的雌激素的作用，而纳豆中的异黄酮效果更优于未发酵过的大豆，更年期妇女由于体内雌激素水平下降，导致各种心烦意乱，燥热易怒等更年期症状出现，通过纳豆中的异黄酮来补充体内雌激素不足，不但可以明显改善更年期症状，还可以起到排毒养颜和减肥作用。
在日本，人们还广泛的将纳豆用于戒酒。因为当我们喝酒之后，究竟主要是由肝脏进行代谢的。而纳豆可以帮助肝脏缓解究竟压力，协助解酒，同时进入人体消化道系统，迅速形成保护屏障，加速消化道酸性分泌，促进解酒;进入人体血管系统，在脑血管区域形成重点防护屏障，抵制酒精对大脑的抑制效应。服用纳豆能迅速解决酒后不良反应，并能预防隔日醉。除此之外，纳豆中的多种活性物质活化肝细胞，促进肝细胞再生，提高肝功能，保护肝脏，有效预防改善脂肪肝。
同时经过科学研究，纳豆提取物还有一部分防止细胞氧化的物质，有防治癌症的效果，长期食用纳豆可以有效的预防乳腺癌。