近年来，随着市场对黑枸杞价值认可度的提高，黑枸杞产业逐渐兴起。但由于目前多数企业对黑枸杞只是进行晾晒包装或简单加工，未形成具有一定规模的高科技含量的“拳头产品”，阻碍了黑枸杞产业的精品发展之路。
记者调查发现，目前我国大多数黑枸杞种植、加工企业规模偏小，行业市场集中度低、技术含量低、工艺落后，导致目前黑枸杞加工程度很低、产品附加值小，90%以上的枸杞通常以原料产品——黑枸杞干果形式在市场上流通出售。而黑枸杞的深度加工受限于资金、人才、技术等方面原因，无法通过增加附加值获得更高利润，使得大量黑枸杞企业发展缓慢。
产业链未成熟 尚处起步阶段
我国黑枸杞产业链的建设主要包括黑枸杞的育种、育苗、种植和产品加工。
据记者了解，黑枸杞整体行业发展才几年，刚刚进入商品市场，既没有成熟的深加工技术，更没有标准的行业规范，只能从颗粒、品质等指标来区分，如此一来，其价格上升空间不大。所以如果商家们想要提高产品单价，获得较大收益，必须生产一些能强烈吸引消费者购买的延伸产品，而深加工为提高珍贵稀有的黑枸杞资源附加值奠定了坚实的科研基础。
但记者通过采访发现，企业生产管理意识还不强。现有的黑枸杞技术研究内容包括黑枸杞产品加工、制备过程和简单功效，研究尚不够深入，需要进一步加强对黑枸杞产品的研究工作，进而挖掘黑枸杞的市场潜力。而且我国从事黑枸杞生产经营加工企业普遍处于“规模小、实力弱、精深加工能力不强、水平低”的状态，大部分企业也于干果初加工的初步发展阶段，加工增值潜力远未发挥出来。
业内专家表示，黑枸杞从叶片到果实都具有丰富的营养价值，对黑枸杞进行深加工，增加产品附加值，如生产黑枸杞酒、固体饮料、软饮料、枸杞籽油、茶饮料、花青素提取物及衍生产品、黑枸杞芽菜、黑枸杞叶茶等，再进一步形成种植、加工、销售、科技研究的系统产业和关联产业(如旅游产品、包装、物流、环保)，产值可增加数倍。
记者走访市场发现，以黑枸杞含片、黑枸杞酒、黑枸杞牛奶、黑枸杞茶、黑枸杞颗粒冲剂以及黑枸杞化妆品代表的深加工产品目前已经开始进入消费市场。同时，政府也加大了扶持力度，深加工企业也在引进更多的生产线，用科技来创新，带动枸杞出口，推动整个产业面向国际化发展。可以说，黑枸杞的产业链在逐渐发展与完善。
各地人工种植水平参差不齐
据有关专家向记者介绍，按照国内黑枸杞的主要产地，黑枸杞主要分为青海黑枸杞、新疆黑枸杞、甘肃黑枸杞等几大系列。其中青海黑枸杞推向市场时间最早，在市场上知名度较高；新疆黑枸杞野生区域分布较广，阿尔金山北坡至昆仑山脉北坡、塔里木盆地南沿黑枸杞原花青素含量较高，曾检测出4.44g/100g,为目前已检测数据中值；甘肃野生黑枸杞较少,人工种植较早,规模比较小。其中，在我国宁夏贺兰山、青海东部、新疆塔里木盆地、内蒙古西部、陕西北部、甘肃和西藏等地皆有零星分布，而新疆塔里木盆地和青海海西州柴达木盆地周边为野生黑枸杞的原产地，至今还分布着大量原生黑枸杞林，是珍贵的野生保健品资源。
据专家介绍，产品品质来讲，青海西藏黑枸杞口感和花青素含量整体略高，在市场上起步早，宣传力度大；新疆塔里木盆地品质属上乘，果型大、口感甜、果味足，规模为国内、鲜果上市时间最早、采摘期最长、性价比,阿尔金山昆仑山产区原花青素检测出4.44g/100g；甘肃、宁夏黑枸杞口感则略差。
野生面积方面，据统计，青海地区野生黑枸杞面积不超过16万亩，约占全国野生黑枸杞总面积的四分之一左右，青海省起步早，目前是我国黑枸杞产业发展形势的省份；新疆地区的野生黑枸杞主要分布在塔里木盆地周边，约占全国面积的二分之一；西藏黑枸杞野生资源较少，主要分布在曲水等地。
目前各产地都在发展人工种植，但水平参差不齐。新疆近年来重点发展黑枸杞种植产业，黑枸杞人工种植面积居各地之首；青海省因自然环境适宜，野生面积较大，人工种植面积则不大；而西藏地区，黑枸杞种植产业发展较少。
由于上述条件和因素，造成了各地产业发展水平不同。如：青海省黑枸杞产业发展最早、最快、，有高原美、诺蓝杞等知名度和市场认可度都较高的龙头企业；宁夏枸杞产业发展较好，带动了黑枸杞产业的协同发展。上述两地黑枸杞产业形成了相对完整的“育种+种植+生产+研发+销售一体化”产业链模式；新疆、甘肃、西藏等地，黑枸杞产业发展较晚，目前新疆仅有新疆黑果枸杞生物科技有限公司初具规模，旗下”愿臻·西域奇珍”品牌有一定知名度，依托航空冻干、低温净干工艺开发了系列产品。其他地区则还没有形成市场知名度很高的企业，且市场上仍以种植和干果晾晒为主，深加工企业较少，需要加紧延伸产业链。
野生资源遭严重人为破坏
记者调查发现，目前黑枸杞野生资源遭到人为严重破坏，该问题已经引起各级政府重视，正在积极推进人工种植，保护和恢复野生资源，但仍处于起步阶段，缺乏行之有效的保护政策和措施。同时产地黑枸杞人工种植、收购和加工仍未形成规模，对黑枸杞研发力度不够。
野生黑枸杞遭到严重破坏 近年来，由于地下水位下降，土地盐渍化加重，导致黑枸杞生长不良，面积急剧萎缩，结果率、品质和产量下降。随着黑枸杞价值被发现，受到人们追捧，其高昂的价格让很多外来人员蜂拥而至，进行破坏性的疯狂采摘。
另外，黑枸杞浑身是刺，果实为浆果，采摘困难，人们使用剪刀等工具连茎一起剪割，造成植株不再挂果，产量锐减。一些地方的牧民因黑枸杞植株带刺，影响山羊绒品质和产量，以砍挖或火烧的方式清除黑枸杞，造成严重破坏。
野生资源保护与开发仍处于起步阶段 目前，各级政府认识到黑枸杞野生资源遭到人为严重破坏，正在积极推进人工种植，保护和恢复野生资源。黑枸杞种植的本地缺少具有带动作用的龙头企业，对黑枸杞研发力度不够。
采摘成本高 由于野生黑枸杞生长主要分布在广阔无垠的高山、荒漠沙滩、盐碱沙地，全身长满密刺并且生长稀疏，东一丛西一丛，果实皮薄易烂，百姓必须跋山涉水深入这些地方采摘，采摘十分困难。据调查，现今各地还没有实现机械采摘或其他采摘方式，必须人工采摘，成人每天采鲜果10—30公斤(晾干后1.3—4公斤)，采摘成本为70—100元/公斤干果。因采收期需大量的劳动力，且成本较高，因此影响了黑枸杞的采摘。
种植受恶劣天气影响严重 黑枸杞易发生虫害，影响产量和质量，由于目前已经能够提前做好预防和及时治理，因此不会阻碍黑枸杞产业化的发展。黑枸杞成熟后,含水量高、果皮薄,易破损,暴风雨对成熟后的果实造成的损害非常大，恶劣天气会对产量造成严重影响。