虽然我国食品安全总体形势趋好，但仍然面临很多的问题与挑战。在1月6日北京召开的“2016年食品安全热点科学解读会”上，多位专家分析了我国食品安全存在的几个突出问题，并提出应该努力的方向。
“过去30年，中国从食品短缺发展到基本解决温饱，是一个很大的飞跃，但发展中落后的农业和食品业产业结构，与消费者日益增强的对食品质量和安全性的诉求之间，产生了不可避免的矛盾。只有遵循风险分析框架，各利益相关方共同努力，社会共治，才能稳步提升中国的食品安全水平。”中国工程院院士陈君石指出，除源头污染外，当前主要的食品安全问题还包括：食源性疾病危害大，但是人们对此认识不足且防控措施薄弱，病因调查水平低；食品掺假或欺诈是一个非常普遍的突出问题，严重影响消费者对食品供应的信心。
“稳中向好的食品安全形势仍面临不小的挑战。”中国农业大学食品科学与营养工程学院教授罗云波在分析2016年中国食品安全形势时也进行了详细阐述：一是食品安全监管体系亟待深化协同机制；二是源头污染等公众关注的焦点问题短期内难以有效化解；三是对互联网食品经营、网络订餐等新业态的监管亟待加强；四是食品安全网络环境应得到治理；五是企业主体责任淡薄。
通过网络平台销售的食品数量近年来呈井喷之势，其中包括餐饮服务和预包装食品的销售。而对线上经营主体缺乏有效监管途径，也缺乏网上交易在线投诉和售后维权机制。对此，中国人民大学法学院副院长胡锦光教授认为，通过保障食品安全来维护公众健康是网络食品监管的底线。当前，对网络食品监管的立法日臻完善，平台归责日趋严格，网络食品监管正在实现社会共治，如《食品安全法》的平台责任规定到细化的《网络食品安全违法行为查处办法》。同时，对有关网络外卖平台的监管，对家庭厨房的监管，均处于立法探索中。此外，还应解决信息不对称等问题，通过诸如信用信息的披露来发挥消费者的选择力量，鼓励消费者“用脚投票”促使平台提升对消费者的保护意识。
此外，食品造假/欺诈也困扰着全世界的监管部门。钟凯解释，不法分子进行食品造假的目的是为了获取不当利益，它可能会影响食品安全，但本身从科学的角度来讲不是食品安全的问题，因此解决食品造假的手段、方法，和解决食品安全问题的方法不一样。如果用解决食品安全的方法、思路去解决掺假问题，一定是事倍功半。
罗云波表示，由机构改革带来的问题只有通过深化协同机制来解决，根据事权划分财权，在厘清事权的基础上强化食品安全的属地责任，这是当前及今后一段时期内亟待解决的重要问题之一。陈君石则建议，当前重点工作应进一步深化食品安全监管体制的改革，加强部门间协调和合作；政府食品安全监管模式要从以抽样/检测为主转变为以过程监管为主；完善和提高食品安全标准，加强以风险评估为基础的原则；学习国际先进经验和技术，完善和提高对风险管理决策的技术支撑，特别是风险监测和风险评估；食品行业要加大对食品安全保障的投入，包括人、财、物；无论是政府还是食品企业，首要的是能力建设。