尽管腐乳是一种具有悠久历史的传统食品，但很多消费者对其仍缺乏科学和全面的认知，甚至还存在一些认识上南辕北辙的误区。有些人认为，常吃发霉的食物容易致癌，而腐乳含有大量霉菌，因此常吃腐乳也会致癌。还有些人认为，做菜时用腐乳替代盐，可以避免摄入过量的钠元素。还有媒体过分夸大它的含盐量，宣称“一块20克的酱豆腐含有6克盐”。有关专家指出，腐乳含有经过选择的有益食用菌，不会对人体健康产生任何危害。
腐乳是我国独创的传统调味品，既可单独食用，也可用来烹调风味独特的菜肴。腐乳的原料是豆腐类的白坯。给白坯接种合适的霉菌，放在合适的条件下培养，不久上面长出了白毛，即产生大量霉菌。对长了毛的白坯进行搓毛处理，再盐渍，成为了腐乳。
中国农业大学食品学院范志红副教授指出，腐乳的口感与奶酪有些类似，同样经过发酵，同样含有丰富的蛋白质和钙。奶酪具有特殊的浓香味道，而腐乳也具有细腻的质地和特殊的鲜味。可以这么说，腐乳是中国的“素奶酪”。在某些指标上，腐乳甚至有胜过奶酪之处，因为它的饱和脂肪含量很低，又不含胆固醇，还含有大豆中特有的保健成分大豆异黄酮。
食品质检中心对北京腐乳的分析测试结果表明，100g腐乳中蛋白质含量11至12g，可与100g烤鸭媲美；100g腐乳中必需氨基酸含量可供成年人一日需要量，而且8种人体必须的氨基酸齐全。由豆腐经微生物发酵成腐乳后，红腐乳水溶性蛋白质含量由3.607%增加到54.38%，碱溶性蛋白质含量由91.25%减少到9.24%，这使得腐乳极易消化，口味鲜美，蛋白质的消化率可达到90%以上。大量研究结果表明，腐乳中蛋白质含量及其消化性能，可以与动物性食品相媲美。
腐乳比豆腐更具营养和保健功能
腐乳作为一种大豆发酵制品，不仅具有大豆本身含有的多种生理活性物质，而且由于微生物的发酵作用，产生了一些大豆没有的生理活性物质，提升了一些生理活性物质的保健功效，使得腐乳更具有营养和保健功能。
据权威机构提供的检测数据表明，由于微生物的作用，腐乳中产生的核黄素含量比豆腐高6至7倍，在一般食品中仅次于乳品的核黄素含量。核黄素是细胞内脱氢酶的主要成分，它能促进正常生长和维持健康，缺乏时会有口角溃疡、唇炎、舌炎、角膜炎、肾囊炎等症状。每100克腐乳中，维生素B1的含量约为0.04至0.09mg，维生素B2的含量约为130至360μg。腐乳中还含有维生素B12，红腐乳维生素B12的含量为0.42至0.78mg／100g，青腐乳中维生素B12的含量高达9.8至18.8mg／100g，仅次于动物肝脏的维生素B12的含量。维生素B12在促进人体的造血、预防恶性贫血和营养神经等方面具有重要作用。此外，腐乳中还含有丰富的矿物质，其中钙、铁、锌、硒、镁的含量均高于一般食品。
范志红分析说，豆腐中的各种营养成分，在制作腐乳的过程中几乎没有什么损失，反而有所增加。例如，蛋白质变成了更容易消化的多肽和氨基酸，味道也更鲜美。这些肽当中，还包括一些有利于控制血压的活性肽，可以抑制血管紧张素转换酶（ACE）I的活性，有利于控制血压。与此同时，矿物质会更好地吸收，钙、镁、铁等矿物质不仅没有减少，生物利用率还会上升。因为大豆当中原来含有很多植酸，非常妨碍矿物质吸收，但发酵时霉菌已经把它消灭了。那些妨碍蛋白质消化的成分，也会被霉菌清除。发酵还会产生相当多的B族维生素，弥补了豆腐维生素含量低的不足。
豆腐中含有大豆异黄酮，这种保健成分在腐乳发酵过程中反而会变得功效更强。因为原来大豆中的异黄酮是和糖结合的糖苷形式，生物利用率低一些；发酵之后变成游离形式，更便于在人体中发挥作用。科学实验证明，大豆经发酵后异黄酮苷原含量比豆腐、豆粉等更容易消化吸收，具有良好的溶解性、低粘度、抗凝胶形成性，以及低抗原性，不会产生过敏反应；能增强体能和促进肌红细胞复原，有效消除疲劳；促进脂肪分解，降低胆固醇的含量，降血压及抗氧化性等功能。此外，红腐乳是用红曲色素染成的，这是红曲菌产生的天然色素，对人体十分安全，还有一定的保健作用。
霉菌的种类繁多，但是能产生毒素并能让人致癌的霉菌却只是少数。例如，黄曲霉菌在一定条件下可产生黄曲霉毒素，易感食品为花生、玉米及棉籽等。黄曲霉毒素为强致癌物，对人体的靶器官主要是肝脏，摄入这种毒素可导致肝癌。而在霉菌大家族中，还有一些可供人类食用，用于制作腐乳的霉菌是一种经过选择的有益食用菌，不产生毒素，也不会使人致癌。上海市曾对胃癌和非胃癌人群饮食情况进行调查表明，由于豆腐在食用菌发酵的过程中产生了很多有益于人体健康的物质，常吃腐乳的人并没有患胃癌危险性增高的现象。
范志红表示，臭豆腐在加工中经过细菌发酵，蛋白质的水解程度比较高，产生的游离氨基酸特别多，因此臭豆腐吃起来鲜味格外浓。因为其中有一部分含硫的氨基酸分解成硫化氢和氨，有臭气产生。这是臭豆腐“闻着臭，吃着香”的原因。这一点少量的硫化氢和氨不至于对人体产生毒害，因此也无需特别担心。关键在于，臭豆腐细菌发酵的过程中不能污染任何致病菌。那种把豆腐泡在泔水里制出来的假臭豆腐，是万万不可食用的。
腐乳中必须放很多盐才能帮助防腐，含盐量因品种有所差异，多数品种的平均含钠量能达到2%至3%，相当于含盐量5%至7.5%。虽然腐乳块本身的咸度低于腐乳汁，但一大块重量在20克左右，小块也有10克左右，摄入的总盐量还是相当可观的。如果按5%的含盐量计算，20克酱豆腐含有1克盐。人们要想享受腐乳的营养价值和健康好处，要用它来替代三餐中的盐，而不能在吃同样多盐的前提下再增加摄入腐乳，即不能增加每天摄入的总盐量。由于腐乳发酵时易被微生物污染。