目前三只松鼠的市值已经高达40亿元，成为互联网估值的电商品牌。但是三只松鼠和供应商之间依旧有些问题需要解决，，部分供应商的工厂处于停工状态。不仅如此，报道还指出了三只松鼠供应商没有利润空间、三只松鼠与供应商之间存在矛盾等问题。
多位业内人士向记者透露，上述情况在一定程度上反映了三只松鼠和供应商之间是存在博弈的，一方面由于电商平台的压榨，作为强势方的品牌商三只松鼠需要靠压榨供应商来换取利润，另一方面，由于旺季等过于集中的销售特点，三只松鼠可能会产生拖欠供应商的款项的情况，这样容易激发供应商与三只松鼠之间的矛盾。
答复中，对于三只松鼠2016年大供应商杭州临安新杭派食品有限公司副总经理杨永平提及的“来了订单做，最近在停工”的说法，三只松鼠表示，这是由农产品行业的季节特性决定的。
三只松鼠认为，报道中2014年、2015年第五大供应商临安青睐炒货食品有限公司创始人邵干云称“这些客户用不到我们扔了，最终还是靠自己，我们今年准备主打自己品牌”中“这些客户“是指传统流通市场的客户，比如批发市场，并非指三只松鼠等互联网品牌。
而对于2016年第三大供应商临安市小草食品有限公司的注册地厂房目前已停产问题，三只松鼠称，确实有两家企业厂房已经停产，其原因是因业务需要。
为此，记者还试图向上述三家供应商求证，但是临安新杭派食品有限公司拒绝了采访请求，临安青睐炒货食品有限公司则表示，“办公室的人出差去了，请过几天再拨电话过来”，而截至发稿，临安市小草食品有限公司的电话一直无人接听。
根据三只松鼠招股说明书，披露的前五大供应商注册资本多集中于50万至300万元之间，从注册资本可以判断上述企业规模不大。从企业信用信息公示系统查询来看，杭州临安新杭派食品有限公司成立于2006年，注册资本金仅有100万元人民币；临安市小草食品有限公司成立于2006年，注册资本也仅是 200 万元人民币。
尽管品牌方三只松鼠对这些供应商的采购金额在走高，但这并不意味着供应商的净利润会随着采购金额的提升而增加。
2015年，三只松鼠对临安青睐炒货食品有限公司的采购金额为7097.97万元，但查阅企业信用信息公示系统发现，2015年它的销售金额为7730.89万元，净利润仅仅为14.37万元，负债达 2364.35 万元。
再以杭州鸿远食品有限公司为例，其在2015年、2016年占据了三只松鼠供应商的、第二名，该公司2015年销售金额超过亿元，但净利润却仅有58万元，2016年，其销售金额为2 亿多元，净利润下降到57万元，负债金额达7785万元。
招股说明书显示，三只松鼠在2016年7月~2017年2月期间连续被14名消费者起诉至法院，要求退款并处3~10倍赔偿，从案由上看，纠纷多为产品不符合食品安全标准、违反广告法等。
中国食品产业评论员朱丹蓬指出，三只松鼠不参与生产的，食品安全风险比较突出，对于它的IPO来说存在一定风险，投行、投资者们会看到这些不利的因素。
中国物流与供应链管理联盟理事黄刚告诉记者，“三只松鼠的发展模式决定了其供应链的地位，考虑到三只松鼠董事长章燎原之前在坚果类企业里任高管，在这种商业基因的背后，三只松鼠更多的是在做品牌，通过找坚果产区的供应商，然后帮它来做代工，带动品牌发展。
我们从供应链的角度看，要么是订单量稳定，要么是产品稳定，这样才能起到规模效应和价格优势，这是最基本的。而三只松鼠属于淘品牌，随着徽商和浙江坚果企业的逐渐发展，淘品牌发展存在挑战，从上游的电商稳定性看，它没有垄断的价值；其次，三只松鼠的加工厂不是自己的加工厂，更谈不上它对上游产业链的整合。所以，三只松鼠在供应链上是不够强大的。”
目前三只松鼠销售渠道中，对于天猫平台的依赖性较强。在2014年、2015年、2016年中，三只松鼠在天猫商城的销量为7.26亿元、15.47亿元、28.17亿元，占据整体销售额的78.55%、75.72%和63.69%。而它三年来平均高达 93.03%的收入源自线上平台，致使该公司的平台费用成本居高不下。
旺季等过于集中的销售特点，也给三只松鼠带来了压力。招股书显示，销售旺季集中在、四季度，这也导致采购周期集中对流动资金需求量大，三只松鼠依靠短期银行借款来补充资金缺口。2014年时，三只松鼠短期银行借款为2100 多万元，并没有长期借款，而2016年，短期银行借款达到1.58亿元，长期借款也上升为2.54亿元。招股书还显示，三只松鼠在2014年、2015年、2016年的存货余额分别为3.49亿元、6.58亿元、11.68亿元，面临滞销风险。
另据招股书披露，三只松鼠报告期内的应付账款金额分别高达3.77亿元、5.32亿元和8.85亿元，这些应付账款大多是公司欠供应商的货款。由于过多的应付账款，三只松鼠资产负债率较高。报告期内，资产负债率分别为80.27%、71.80%和71.58%，同行业其他品牌的资产负债率均值则不到40%。
战略定位专家徐雄俊认为，“由于三只松鼠的供应商注册资金规模不大，利润不高，这种背景下，三只松鼠对它们欠下的数千万元的应付账款，成为了两者博弈的原因之一，而过高的资产负债率，可能会让供应商对三只松鼠偿债能力产生怀疑，而这可能也是三只松鼠急于上市融资的主要原因。”
朱丹蓬有相似的看法，“从全年营收超过 44 亿元的维度来比较，三只松鼠的业绩已超过了恰恰食品、来伊份、好想你和盐津铺子等，从无到有再到的份额，它的博弈能力和话语权肯定很强。所以，正因为三只松鼠太强势，对于供应商的条件会非常苛刻，便可能会产生拖欠供应商的款项的问题，激发供应商与三只松鼠之间的矛盾。”