取样和样品处理
取样应尽可能覆盖一块较大的表面，目标取样点为最有可能被污染的地方。为了实际操作方便，通常推荐在光滑面积较大的表面上取样，取样面积至少为12×12英寸（30×30厘米）；对于面积较小的区域或不规则表面，使用棉花头的材料取样，或润洗取样表面或缝隙，然后采用分析润洗液。
为了确认控制致病菌的装置或屏障的有效性，取样面积大于通常的12×12英寸（30×30厘米）时更具有指示性。例如，为了确认鞋底消毒垫或入口消毒起泡设备的有效性，取样范围宽为消毒垫的宽度，长为步长时，比取样面积为12×12英寸更有指示性。另一个例子是分别在定期清洗的设备或区域清洗前和清洗后取样，来确认其清洗频率和效率是否合适。请记住取样的目的是为了主动寻找然后消除细菌可能潜藏的地方。
取样时应完全按照水平--垂直--然后对角线方向在取样表面擦拭。在生产干型产品的车间取样后，用酒精喷洒在取样区域，或用含酒精的棉布擦拭取样区域，来去除取样时留下的多余水分。取样技术人员应遵循无菌操作技术。
当取样表面或取样环境和平常操作时有所不同，取样人员也应该接受这方面的相关训练。比方说，一个通常是干燥的表面变湿时该如何取样。
取样时间
棉签取样应该至少在生产开始4小时后进行，这样潜藏在缝隙中的目标致病菌散布到设备机器上才能检测到。
每周第几天取样，这天的取样时间应轮流交替。对于每天取样的，取样时间应在不同班次间轮换。对于每周取样的，在哪取样，取样时间都应该轮换，这样并不总是在周一或周二取样，或者总在每周后几天和取样。这样做的目的是为了确保控制致病菌的方法在生产全天所有班次都是有效的。
取样结果及趋势分析
取样结果出来时应及时报告，并立刻采取可行的措施。对每天清洗的设备而言，大多数情况下取样结果出来后24~48小时之内即可开展原因调查采取纠正措施。对每周清洗或清洗频率更低的设备而言，结果报告之后24~48小时之内应开展原因调查，小组成员应当决定是否为此停止生产，还是采取纠正措施时生产仍然可以进行。
为了确认采取的纠正措施的有效性，重新在结果阳性的区域取样进行分析，直到该区域连续三次取样分析结果为阴性。为了对该纠正措施的可持续性有更好的认识，我们推荐重复取样应至少达到三周，除非重复取样结果呈阳性（连续阳性）。
许多工厂现在习惯在取样结果连续出现阳性后升级纠正措施。使用图表的方式对呈阳性结果进行结果跟踪和趋势分析，随着时间的推移（大约3年）可以对偶尔发现的潜在污染源头提供出有洞见的信息。例如，如果许多呈阳性样本取样于较低的地方（排水道，地面，员工的靴子，机器的下部等），这可能说明有缝隙没被检测到没有消除，或者说明有控制致病菌的屏障不是十分有效。