海鲜类食品一贯以富含营养，有益健康闻名。无论是野生海鲜，还是养殖类海鲜，以双壳类软体动物、甲克类、头足类或鱼类为原料制成的海鲜食品都是人体所需蛋白质的主要来源。官方数据显示，海鲜类蛋白是动物总蛋白质摄入量的重要组成部分（约18.5%），而对于那些小规模自营性渔场而言，实际数字可能比官方数字高。
由于食用方便，即食海鲜在全球海鲜市场中的需求量较高。另一方面，即食海鲜也面临着食品贮藏、食品安全及食品卫生问题等诸多挑战。传统上讲，即食海鲜在进入市场前会经过一道或多道灭菌程序，确保消费者在不进行进一步加工的基础上能够直接食用。现在，生鱼寿司和生鱼片越来越普及，消费者（尤其是城市居民）的习惯也在迅速转变，更倾向于生食海鲜。
但是，海产食品携带的活性微生物，或其产生的毒素可直接进入摄入者的胃肠道，引发疾病。而疾病风险程度依病原体、食入剂量、宿主体质及海产生物的基体特征而定。微生物疾病危险程度，以及可波及的公众健康安全程度取决于多种因素，例如，特定海产食物的种类，其生长环境，生产加工过程中的具体操作等。
弧菌种致病
食用者生食双贝类海鲜，或者在加工甲壳类海鲜时不注意控制温度和时间，导致生熟交叉污染，则会出现弧菌类感染的临床症状。弧菌类微生物多生长在水生环境中，嗜中温，在暖季大量繁殖（>15℃）。海产食品传播疾病主要由副溶血弧菌、创伤弧菌、霍乱弧菌引起。副溶血弧菌及霍乱弧菌会引发胃肠道疾病，而霍乱弧菌则会引发败血症。这些致病性弧菌种在温暖的海洋环境中尤为多见。海生弧菌通常会附着在甲壳类海洋生物的外壳上，将其作为新陈代谢的原料。水生贝壳类动物每克大概含有102~103个单位弧菌菌体，鱼类肠脏内则每克含有104~108个单位。环境内的弧菌类细菌及其数量通常与水体温度，盐度及藻类密度有关。
01/0139霍乱弧菌被认定是导致霍乱的元凶。霍乱是一种高致命性疾病，疾病发作快，伴随严重腹泻。易感人群包括儿童及成年人。牡蛎和温水虾曾引起过几例霍乱。现在，霍乱依旧在世界多地肆虐。01/0139霍乱弧菌源自排泄物污染，并可能进入水体成为污染源，从而污染海产生物，对首批捕捞海鲜造成潜在威胁。非01/0139类霍乱弧菌仅引起过少数几起肠胃炎病例。控制霍乱弧菌引起的海产食品传播疾病要首先煮熟食物，防止生熟食物交叉污染，并且使用饮用水。
其他非01/0139弧菌
霍乱弧菌01通常存在于河口及海洋环境中，不接触双壳类生物及甲壳类生物。副溶血弧菌易引起肠胃炎。创伤弧菌很少引起肠胃炎，通常直接感染伤口。因此，人们在游泳过程中或者清理贝类海鲜过程中较易感染创伤弧菌。对隔离群体的致病性通常与其生产TDH或TDH相关溶血素的能力有关。
对于双壳类软体动物而言，净化并不能有效除去土着病原体，并且，病原体含量与大肠杆菌微生物指标数无相关性。因此，仅通过监测捕捞区域并不能控制由这一类病原体引发的食品安全风险。对捕捞海鲜进行即时速冻能有效控制微生物进一步繁殖。对于甲壳类生物而言，工业蒸煮能有效降低细菌载量。然而，蒸煮后的甲壳类海鲜在加工、运输、存储（尤其是装船）过程中存在较大问题，很有可能将病原体再次带入环境中，引起微生物危机。专家认为，用于贮藏即食类甲壳海鲜的冷却水、盐水或冰也可能再次污染环境。
组氨酸
一些罐装或酶催熟类产品（鱼酱或鱼露）通常由特定鱼类制成，尤其是鲭鱼类（鲭鱼和金枪鱼）、鲱鱼类（青鱼）、鯷鱼类、鲯鳅鱼类、蓝鱼类和鲹类都可能含有较高组织胺（鲭鱼素）。这些组氨酸在细菌去碳酸基催化氨基酸组氨酸过程中形成，可能导致鲭鱼肉中毒--组胺鱼类中毒。
许多海产食品酸败细菌，包括嗜温及耐寒性细菌都会产生生物胺，除组氨酸外，还包括胍丁胺、尸胺、腐胺、亚精胺、精胺、酪胺，这取决于自由氨基酸基质浓度，并与鱼种密切相关。肠杆菌科（如摩根菌、嗜冷杆菌、植生拉乌尔菌、产气肠杆菌）、弧菌科（如明亮发光杆菌，美人鱼发光杆菌）、乳酸菌（如四联球肉豆蔻菌，乳酸杆菌）中的一些细菌也会产生组氨酸。这些生物胺一旦形成便能较好地抗拒热、冷、盐及压力。在这类即食海产食品中，采取高效冷却有助于延缓耐冷细菌形成组氨酸。
组氨酸的毒性阈值浓度还无法确定，这是由于如尸胺、腐胺、精胺等毒性增效的强度在每一种鱼上都有不同体现。但是，这种食物中毒通常可以界定为：轻度：8~40mg组氨酸/100-g剂量；中度：40~100mg组氨酸/100-g剂量；重度：>100mg组氨酸/100-g剂量。
肠道病毒
生食或食用未熟感染双壳类软体动物是造成病毒性海产食品疾病传播的主要原因。养殖双壳类软体动物主要以周边水域过滤出的微小颗粒为食。人类疾病病原体的集中地和残留地，包括城市及农村地区的废料堆积物、直接排放的工业污染物以及未处理或处理不善的人体排泄物中的人肠道病毒。人肠道病毒只针对特定物种，一旦进入海洋环境，并不会立即繁殖，像病毒专性寄生于细胞内寄生虫。人肠道病毒的生命力基于多种因素，包括温度、盐度、紫外线辐射以及环境中的有机物和沉淀物。
通常，双贝类海鲜生产区域由当地政府负责监控。这是划分区域项目的一个组成部分。这个项目依据选定区域内细菌作为粪便污的浓度为标准，衡量该区域内致病微生物的风险，并对一系列区域进行划分。值得注意的是，双贝类生病毒的消除速率要比粪便大肠杆菌和埃希氏大肠杆菌低。
资料显示，污染捕捞区域，疾病爆发区域的双贝类海鲜曾携带诺瓦克病毒和甲型肝炎病毒。供人食用的双贝类海鲜潜在携带的微生物污染源可以通过蒸煮/加热（巴氏灭菌法）、暂养、净化、辐照、臭氧处理、水压、高静水压等加工方式移除或灭活。轻微蒸煮并不足以使诺瓦克病毒死亡，并且甲型肝炎病毒有较高的热稳定性。在提高活体双贝类海鲜质量方面，不断增强捕捞区域水质是长久之计。但是，基于粪便大肠杆菌指标进行监控并不足以保护海鲜消费者不受病毒感染。甲型肝炎病毒的防治可以从疫苗入手，接种者终身免疫。
李斯特菌
轻度腌制即食海鲜产品，如冷熏鱼和冷熏贝类，可能残留李斯特菌，因为加工过程中缺少灭菌程序。在冷熏过程中，海鲜产品所受的熏制温度会使蛋白质凝固不完全，因此这种加工方式不能有效灭除李斯特菌。李斯特氏菌病是一种严重的食源性疾病，通常攻击老人、孕妇及免疫力低下者等易感人群，严重时甚至引起死亡。如果处在潜伏中的李斯特菌很难诊断出疾病的发生与之有关
这种食源性病原体在自然界中广泛传播，与土壤和植被有关。一系列即食海鲜都不会沾染李斯特菌，包括蟹肉、卤水鱼及熏制海鲜。由于冰箱温度会使李斯特菌大量繁殖，并且在海鲜食品加工过程中这种菌类容易残留。但是，人们发现即使是储存的过期食品，致病微生物的存活量也很低。这种量效关系（或产生风险估计）说明李斯特菌在即食食品中存在率较低，致病风险也很低。
葡萄球菌肠毒素
受凝固酶阴性葡萄球菌感染的熟制鱼或贝类海鲜食品（熟制虾肉或蟹肉）的正常菌落已受到破坏，可能会引起葡萄球菌性食物中毒，这种中毒是由食物中已经形成的肠毒素所引起的。尽管大多数疾病都是由金色葡萄球菌引起的，但其它凝固酶阴性葡萄球菌（如中间葡萄球菌）也会产生肠毒素并引起食物中毒。这些细菌的天然滋生地是在恒温动物的皮肤或粘膜中，在刚刚捕获的海鲜正常菌群中并不会出现。食品中出现这种菌类往往是捕捞后期卫生状况不良导致的污染。这种微生物的竞争力很弱，在生海鲜中不会大量繁殖。一定量的致病毒素往往需要在高密度细胞中（通常只在生长期后期出现）成为主污染源，并且在加工温度和时间操作不当的状况下才会产生。
即食海鲜食品中的微生物载量是衡量未加工食材中微生物含量，微生物存活和增长率，加工后食材中微生物残留量及发生其他污染的可能性的重要指标。即食产品由于其“即食性”,很可能引起严重的微生物疾病，因此有关当局及行业经营者应高度重视。一旦出现产品召回，不仅成本高昂，而且很有可能打击产品品牌甚至整个行业。除此之外，消费者正高度关注即食海鲜的致病风险问题。