“国内转基因能研究不能生产的局面有了破解口……有多个转基因抗虫玉米品种正在进行申请安全证书的冲刺。拿到安全证书以后，如果顺利通过品种审定，可进入产业化种植。”这条消息足以让转基因支持者为之振奋。和其他转基因研发的举措一样，这条信息也招来转基因反对者的抨击。在“反转”呼声不绝于耳，且消费者对转基因产品不信任的背景下，政府有关转基因的抉择显得底气不足。
转基因技术与从前的品种改良在根本上的不同，在于其从最初瞄准了目的基因，且可以将完全异种的生物基因进行转换，使微生物的有用基因导入生物。转基因生物不能直接投放市场。转基因玉米等转基因植物能否最终进入产业化种植，取决于其转基因安全性是否得到保障和确认。《中共中央国务院关于加大改革创新力度 加快农业现代化建设的若干意见》提出，加强农业转基因生物技术研究、安全管理、科学普及。“转基因可以说是大有发展前途的新技术、新的产业”。而新食品安全法则增加规定：“生产经营转基因食品应当按照规定显着标示。”该法也对未按规定进行标示的设置了罚则。这为转基因食品的生产经营设置了法定义务，也提供了法律支撑，也设置了相应的适用规范。
实际上，农业部对转基因作物生产应用安全证书的发放有严格的程序，然而，由于转基因生物技术本身具有较强的不确实性，加之没有法律明确规定，安全管理和科学普及不到位，导致转基因领域众说纷纭，难有定论。“很多科学家不出来说，说了也没几个人听，而非科学的、名人的话谁都听，结果公众很疑惑”的现象在所难免。农业部官员认为，转基因安全有定论，即通过安全评价获得安全证书的转基因食品是安全的，“可以放心食用”。但是，在黄乐平诉农业部转基因政府信息公开行政诉讼案中，农业部的观点似乎缺乏这方面的信心。根据《农业转基因生物安全管理条例》规定，农业部只负责农业转基因生物安全的审批，对进口数量没有审批权限，也不知道归哪个部门管，实际上进口数量属于市场化运作，没有任何一个部门掌握具体的进口数量。
为建构让消费者放心、安心、可信赖的转基因食品监管机制，应当在转基因生物进口规制、转基因作物的产业化种植等重大决策的程序完善上狠下功夫，要“健全依法决策机制。把公众参与、专家论证、风险评估、合法性审查、集体讨论决定确定为重大行政决策法定程序，确保决策制度科学、程序正当、过程公开、责任明确”。
关于转基因食品的安全问题，不能是个人说了算，而应该是专业的权威机构说了算。农业部官员的该论断有道理，应当予以支持。对政府的举措一律持反对排斥态度，是不可取的。但是，仅有“权威机构说了算”还不够，还要搞好公众参与，切实做好风险评估、合法性审查和集体讨论决定。如此抉择，没有必要避讳政府信息公开了。并且，从安全管理和科学普及的角度考虑，应当做好宣讲工作，让消费者充分了解转基因生物。
风险是新技术不可避免的伴随物。转基因食品的安全性是消费者最关心的问题，而转基因生物的风险管理还包括其对环境、生态系、农业经济的影响。解决这些问题，既要强调“权威机构说了算”“经过严格的科学实验和把关”，又要注重建立健全风险交流机制，导入利益衡量机制，将该技术所带来的利益（可能性）与不利（风险）进行综合比较。为确保风险交流机制的实效性，“要让正反意见客观呈现”，创造该领域的专家与各相关方面人士“以对等的立场进行讨论的场所”。