为了解决市民吃上“放心鱼”的问题，上海市水产养殖业进行了品种结构的调整，大力发展特种水产品养殖，形成了沿杭州湾的海水虾类、沿长江口的中华绒螯蟹和沿黄浦江上游及淀山湖的淡水虾类和特种鱼类三大产业带，年产淡水类水产品16万吨左右，其中名特优新水产品占31％左右。
上海市为了解决水产养殖存在的面源污染问题，采取了一系列措施，包括：推进标准水产养殖场建设，目前全市已累计批复建设标准化水产养殖场310个，面积18.52万亩；完善水域滩涂养殖使用权制度建设，目前全市共发放新版水域滩涂养殖证519本，持证的池塘养殖面积达31.15万亩，持证率达96%；积极推进新型养殖机械设备，缩短了养殖周期，减少了养殖污染；地产水产品质量和渔业生产安全监管常抓不懈，大力推进准出制度，覆盖面积约14.6万亩；组织专家围绕“三虾一蟹”主导产业入户，推广健康养殖方式，提高渔民环保意识。
加快标准化水产养殖场建设，通过湿地建设防污减排
开展标准化水产养殖场建设是上海市在全国率先提出并组织实施的一项渔业基础设施建设项目，也是一项重要的支渔惠渔政策。项目实施以来，受到广大养殖渔民的普遍欢迎。截止到2015年10月，上海市共批复水产养殖场标准化改造项目310个，建设总面积达18.52万亩，总投资达19.2亿元，其中市财政投资9.8亿元，区县财政投资2.1亿元，建设单位自筹7.3亿元。目前已建成了15.82万多亩（265家）标准化水产养殖场，改造后的标准化水产养殖场发挥了良好的湿地效应和生态功能，成为了上海国际化大都市一道美丽的风景线。
按照资源节约、环境友好和可持续发展的要求，在项目建设标准中规定“人工湿地面积不得低于总面积的10%”，同时还对“养殖排放水”、“生活污水处理”等作出了明确要求，并作为项目验收中的必备指标。近年来，该市又大力推进了一批水产养殖场标准化改造项目，建设了一批体现“内部循环、达标排放”特点的标准化水产养殖场，标准化水产养殖场重点突出了生产经营功能，优化生态环保功能，同时兼顾旅游休闲功能。上海市共批复建造湿地面积达1.16万亩，已经建成的1.01万亩湿地发挥了降解污染、节能减排的作用，稳步提高了水产养殖业综合竞争力，并通过示范、带动和影响周边池塘的标准化生产，全面提升本市养殖水产品的质量，较好地维护了上海水产生态环境。
尝试工厂化健康养殖模式，促进节能减排
上海市较为成熟的工厂化水产健康养殖目前只有一家，有很多周边省份的渔业主管领导和专家赴该公司参观考察，均对其较为成熟、先进、生态的水产养殖模式表示赞赏。
上海秦皇山渔业有限公司以生态渔业集约化生产、加工、销售、研发为主体，应用现代生物科技、生物工程科技、环境工程科技和数控管理技术，致力于对渔业产品工业化生产、加工和综合开发，形成了国际领先的全天候繁育、集约养殖、产品初深精加工和EFS科技研发于一体的综合渔业产业体系，是专业的现代生态渔业生产及加工企业。公司大力聚集国际资本和一批国际渔业科技、人才，引进已有15年成功商业运营记录并在世界上的水产科技系统，在此基础上，结合国际CAS、RAS的技术优势和中国先进的生产技术，创建了独特的渔业科技“EFS”（ECOLOGICALFISHERYSYSTEMS）生产系统。
“EFS”生产系统，注重在“营造水生物生长条件”的环境科技，让水产品在优质的生长环境中自然生长，即还原了生态水产品的特性，又突破了生长季节和地域的限制。EFS系统可根据市场需求，在全年任何季节和气候环境，均衡提供系统生产淡水或海水发眼卵、苗种和商品鱼；通过对繁殖、育苗、殖养、饵料和加工等工艺系统进行集约化无缝链接，有效提高整体生产效率和管理水平，获得复合型收益，保证了收益的稳定性和持续性；按照HACCP（HazardnalysisCriticalControlPoint）的规则提高了食品安全管理的效率，确保水产品生长、加工环境安全、无污染和产品质量完全可控，符合生态有机食品标准，也达到了国际市场准入的标准；运用EFS技术，使单位面积年复合产量比传统方法提高50倍～200倍，单位成本降低了10％，综合成本降低了30%。
秦皇山渔业有限公司拥有每年可提供苗种（受精卵）1亿尾（粒）的繁育基地，年产2000吨优质生态水产品生产基地，年产2000吨有机饵料和200吨有机花肥，年初加工1000吨的水产品，190吨深加工水产品。年产各类生物活性物质10吨及水产保健品80吨。年实现规模销售总收入6.1亿元，其中，活鲜产品1.2亿元，加工产品4.9亿元。每天实现出厂活鲜优质商品鱼5万尾、商品虾1吨生态产品供应市场。
抓好水产品质量安全监管，增强生态养殖意识
通过抓好水产品质量安全监管，减少违禁药物使用，进而减少水产养殖业污染。全市继续推进档案渔业信息管理数据库建设，完善本市水产养殖单位名录。建立完善生产经营者首负责任制和质量安全责任追究制，提高生产经营者责任意识，提高生产经营者责任意识，努力提高生产者自控能力，坚持“养出来”与“管出来”两手抓，两手都要硬。加强水产苗种专项整治和投入品监管，以法严厉查处使用违禁药物等违法行为。
加强对渔农民的技术指导和培训，加强新品种、新技术的推广。通过培训、发放书籍和宣传册等方式，进一步提升渔民健康养殖理念，大力推广生态健康养殖，保护养殖生态环境。
坚持养殖水域环境监测
该市常年以具有代表性的养殖基地和养殖池塘为监测点，全年按照1月~4月放样期、5月~8月生长期和9月~12月捕捞期开展监测，检测项目包括水温、pH、溶解氧、非离子氨、亚硝酸盐氮、硝酸盐氮、活性磷酸盐、高锰酸盐指数、石油类、挥发性酚及铜、锌、铅、镉、汞、砷等。2014年，监测显示上海市重要养殖渔业水域的养殖水源水环境质量状况稳定，与2013年相比变化不大，主要污染指标为总氮、总磷及高锰酸盐指数，其他检测项目均符合评价标准。2014年养殖池塘水环境质量状况稳定，总体呈好转趋势。
水产养殖业是农业产业的重要组成部分，其污染主要来源于养殖鱼类、蟹类和虾类的排泄物、残饵、药残等有机、无机污染物质。与其它行业相比，其污染程度虽然较低，但如果控制不当也会对水域环境质量造成一定的影响。上海市加大对食用水产品质量安全监管的力度，通过对养殖水产品从苗种、投入品、养殖水质等全过程进行监管，推广健康养殖技术，建立水产品水质监测网络，推行档案渔业，极大提高了本市养殖水产品的质量，解决了市民“吃放心鱼”的问题。