獐子岛集团建立了以企业为主体、市场为导向、产学研结合的技术创新体系。先后与国内外著名的海洋科研院所确立战略合作关系，构建国家产学研一体化平台，集团与国内知名科研院所共同构建了海洋生态养殖联合实验室、獐子岛虾夷扇贝碳汇实验室、海洋休闲食品研发中心、博士后科研工作站、水下机器人联合实验室、海洋食品创新发展研究院等产学研创新平台，与挪威海洋研究所、黄海水产研究所在北黄海水动力研究方面建立了合作关系。
公司主持或参加了国家科技支撑、国家海洋公益性行业专项等近100项研究课题，获得国家科技进步二等奖3项、国家技术发明二等奖1项、省部奖励10项、国家水产新品种3个。近年来，公司在海洋生态、海洋生物、海洋食品、渔业装备等诸多方面加大科技创新投入，提高产业的技术水平与科研实力，进一步夯实与提升了企业的产业化创新能力。公司在资源、技术、科研、人才、产业规模、质量控制、品牌知名度和影响力等方面具有综合性的核心竞争优势。
公司2015年获评国家知识产权运用标杆企业，2016年获评国家知识产权优势企业，2017年获批国家知识产权示范企业。截止到2018年9月30日，共申请专利122项，授权86项，有效专利52项，其中国内发明专利38项、PCT国际专利2项，已形成覆盖海区采苗、育苗、中间育成、养殖、捕捞、加工全产业链的专利群。拥有国内注册商标1026件，国际注册商标21件，驰名商标1件。公司优势产品、品牌、知识产权等达到了新的高度。
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