在生态环境调查方面，獐子集团拥有一艘小型近岸调查船“科研19号”，完全可以满足近岸生态环境调查与作业需求。现场调查所需要的小型仪器设备如水下机器人、多功能水质参数测定仪、水文绞车、液压起网机、采水器、采泥器等均配备齐全，而且项目组成员多年从事近海养殖环境生态学研究，熟练掌握样品采集和分析方法，为目标海域生态环境和增养殖效果评估研究奠定了良好的基础。
海洋牧场生态环境监测主要包括实时性、应急性、周期性等三方面工作。（1）实时性监测：主要是依靠布放在海域的浮标系统和潜标系统，实时监测海洋牧场特定区域的水温（海水表层温度通过浮标进行实时监测；底层水温通过潜标监测）、风浪等数据，为作业船只出海及生产参考等提供服务。（2）应急性监测：工作主要包括对赤潮、污损生物等跟踪监测，为生产单位开展倒笼、下沉台筏等操作提供依据。（3）周期性监测：工作主要是每月对确权海域水质例行调查。调查指标包括水温、盐度、溶解氧（DO）、酸碱度（pH）、透明度、叶绿素、硝酸盐、亚硝酸盐、氨氮、磷酸盐、化学耗氧量（COD）、弧菌、硅藻等浮游植物。
从2017年开始，公司新增加了对北黄海区域降水量的监测。通过与长海县气象局合作，每月月底向县气象局相关部门提出当月气温、降水等数据使用申请，共享相应气象数据。每月形成生态报告，为生产提供数据支撑。
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