一直以来，作为国内知名的休闲食品企，蜡笔小新食品公司认为，不但要有好的产品质量，更要有长期稳定的好质量，这是发展公司、树造品牌的关键所在。也正是有了这种狠抓管理，确保品质的宗旨，蜡笔小新在市场上一直都很受消费者青睐。
为了确保质量长期稳定，首先是在管理规范上大做文章，蜡笔小新食品公司从1997年开始大胆引入新的管理理念和管理规范，公司管理层始终是新管理观念的忠实追随者和试验者，公司在食品行业早导入ISO9001、ISO14001、OHSAS18001、HACCP管理体系，成为福建省独有的四大体系齐全的企业，引入这些管理理念和管理规范，使稳定和提高产品质量有了制度上的保证，为稳定质量水平提供了管理基础。
蜡笔小新食品领导层认为，食品企业关系百姓健康与安全，必须严格按照国际惯例来管理企业，所以质量上公司严格执行ISO9001质量管理体系标准，实实在在按规定的工作程序，把好影响产品质量的每一个环节，公司专门配备了质量监控人员30人，成立一中心，三部两室从事质量管理工作；根据食品工业对环境和员工健康的特殊要求，公司狠抓生产环境和保护员工的身心健康，导入ISO14001环境管理体系标准、OHSAS18001职业健康安全管理标准，识别影响环境的因素，制订各种方案解决微生物控制、蚊蝇、杂质、污染等问题，同时根据HACCP要求，识别关键控制点，制定关键控制点控制办法；2004年，公司还将引入标准化管理和绩效管理，将把各种管理体系融会贯通，确保公司产品的质量一直保持稳定和领先。其次狠抓过程控制，公司制定各种管理制度，操作规范70多种，用以确保过程控制，设立专门的过程监控品管员，每日进行严格的产前清洁高温消毒、人员个人卫生检测，严格控制班中外出人员的再消毒，班后清洁高温消毒，每天卫生一清洁，每周大清洁。
作为一家国内知名的企业，蜡笔小新食品公司除了在制度、人员上保证，并狠抓过程控制外，还抓紧检查落实工作，成立以行政中心为主导的卫生检查小组，每周对生产环境卫生、厂区环境卫生、生活环境卫生进行检查，并与各部门主管的工作绩效紧密挂钩。这些年公司长抓这些生产过程中的繁琐的具体工作，这些细致措施落实，使得公司产品主要微生物、理化指标明显高于国家标准，在业内持续领先。