市场上经常能见到益生元、益生菌食品，含有这些成分的产品在宣传时都强调在维护肠道健康方面的功效。尽管益生元、益生菌仅一字之差且功能类似，但并不意味着两者之间没有差别。相反，二者根本就是完全不同的物质。直白的说，益生元是益生菌的粮食。
人体内存在着一个巨大的细菌生态群，它们最集中居住的地方是人的肠道，这些细菌维持着彼此的平衡。一般而言，多数细菌与人体相安无事。有一些能够捣捣乱，代谢产生一些有毒或者有害的物质，这一类被叫做“有害菌”，还有一些能够为保护它们的“生态环境”做出贡献，比如通过代谢产生一些对人体有益的成分。这些“好细菌”在科学上被称为“probiotic”，中文通常翻译成“有益菌”，它是一种活性菌，如乳酸菌，保加利亚菌等。
至于益生元，则完全不同于益生菌。它是一种不能消化的碳水化合物，不含任何活性细菌，只是给有益菌提供食物。确切来说，益生菌是一种活性菌；而益生元通常公认分为三种：低聚果糖（FOS）、低聚半乳糖（GOS）和菊粉（inulin）。
通过补充益生菌或者益生元，都可以增加肠道内有益菌的数量，但两者作用于人体的方式也大有区别。益生菌可直接添加服用，以维持肠道菌群的平衡，但部分益生菌在胃和小肠部分是能够被杀死的，而且益生菌是外来细菌，相对于肠道里面的“原住民”细菌，入口的益生菌不一定全部到达肠部，甚至发挥作用。
而益生元则是肠道内有益菌的粮食，人体服用后可以通过胃和小肠不被消化，直接到达大肠，保持未消化状态。益生元进入肠道后对肠道里的“原住民”有益菌产生刺激，增殖更多的有益菌。有益菌在益生元环境下能够加强增殖和更好地发挥作用，而益生元则完全不可以被有害菌利用。
益生元与益生菌都会影响肠道菌群的平衡，但影响的方式完全不同，关键区别在于：益生元作用于本已存在于肠内的菌群，而益生菌是外部添加的细菌。具体来说，除了这点区别，还应该注意以下几点：
1．益生元作为模拟母乳中的低聚糖，以未经消化的形式进入胃肠道，通过降低PH值，促进双歧杆菌等有益菌的生长，间接地促进胃肠道健康和营养素的吸收。
2．益生菌是外源细菌，作用更直接。但是，它有较明显的针对性，即针对不同的病因及体质，添加不同的菌种，如双歧杆菌对胃肠道疾病有显著功效等。
3．在胃部强酸性的环境下，外来细菌的存活性会受到考验，因为只有活着进入胃肠道的有益菌才能发挥功效，而益生元不是生物，不存在存活率的问题。
4．免疫系统对于由外部而来的益生菌有识别的过程，当外部添加益生菌时，不同体质的宝宝可能会产生不同的反应。
从特点和作用机理来看，益生元在稳定性、有效期、安全性等方面，有优于益生菌的特点。同时专家表示，无论是益生菌还是益生元都不仅仅是对于婴幼儿才有意义，而是对各个年龄段的人群都有意义。