十三五食品安全规划为国内食品安全做出了严格的部署，当前，我国食品安全形势总体稳定向好，人民群众饮食安全得到切实保障。但与此同时，我国仍处于食品安全风险隐患凸显和食品安全事件集中爆发期，食品安全形势依然严峻。
一方面，我国食品生产经营企业多、小、散，全国1180万家获得许可证的食品生产经营企业中，绝大部分为10人以下的小企业。企业诚信观念和质量安全意识普遍不强，主体责任尚未完全落实。此外，互联网食品销售的迅猛增长也给食品产业带来新的风险。
另一方面，一些地方工业“三废”违规排放导致农业生产环境污染，部分省份粮食重金属污染超标率超过20％。特别是农村环境保护意识相对薄弱，畜禽养殖污染、土壤和水体污染现象比较严重。此外，农业投入品使用不当、非法添加和制假售假等问题也依然存在，给食品安全埋下隐患。
源头污染若不根除，食品安全也无从谈起。《规划》提出，“十三五”时期将全面开展食用农产品源头治理，到2020年，主要农作物病虫害绿色防控覆盖率达到30%以上，主要农产品质量安全监测总体合格率达到97%以上。要实现上述目标，必须加强源头污染的综合治理，各相关单位、责任主体也要严把源头关。
首先，综合治理环境污染问题。环境污染涉及农业、环保、卫生、食药等多个部门，为此，食药监部门要积极加强与农业部等部门在制度衔接、监管合作和信息共享等方面的沟通协作，不仅注重系统性、协同性和前瞻性，真正形成各层级政府间、各部门间合力，还要摸清土壤污染分布情况，开展污染耕地分级分类治理。
其次，要严格农兽药等农业投入品使用管理。当前，我国允许使用的农药超过600种，但很多都缺乏有效监管，导致果蔬、粮食中农药残留严重。为此，有必要开展化肥农药使用量零增长行动，加快高效、低毒、低残留农药新品种研发推广。同时，严格落实农药兽药登记和安全使用制度，推行高毒农药定点经营和实名购买制度。
加强食品安全源头治理，还要形成全链条、全品种、全模式的监管体系。食品安全与生产、经营、使用、检测、监管等各环节的安全责任落实密切相关，要想守卫公众的舌尖安全，食品生产者、餐饮服务提供者应制定并实施原料控制要求，建立进货查验记录制度，有效识别来自上游环境污染和农业投入品滥用带来的风险。农产品生产者应积极参与农产品质量安全追溯管理信息平台运行，已开展肉类、蔬菜等产品追溯体系建设的地区要加快建立长效机制。政府部门要对食品违法的重点领域、重点环节和重点问题加大稽查执法力度，倒逼各主体加强源头治理，不断提升食品安全水平。