早在1987年，世界卫生组织（WHO）在欧洲开展的食源性疾病和食物中毒监测行动中，对食源性疾病的病原因子即食品的生物性危害进行了分类，食物的生物性危害主要是指生物，尤其是微生物本身及其代谢产物，如毒素对食品原料、加工过程和产品的污染，这种污染会对食品消费者的健康造成损害。
食品中的生物性危害按生物的种类主要包括以下几类：
（1）细菌及其毒素：动物性食品容易被细菌及其毒素污染，其中畜肉类及其制品居首位，其次为禽肉、鱼、乳、蛋类。粮谷类食物如剩饭、米糕、米粉等则容易被金黄色葡萄球菌、蜡样芽孢杆菌等污染。可以导致消费者食物中毒的有害微生物主要为沙门氏菌、空肠弯曲菌、出血性大肠杆菌等。2011年德国爆发的肠出血性大肠埃希氏菌0104:H4感染，即属于细菌性危害。
（2）真菌及毒素：真菌又称霉菌，可形成各种微小的孢子，很容易污染食品，造成食品的腐败变质。而且有些霉菌如曲霉菌属、青霉菌属和镰刀菌属的真菌还会产生毒素，造成人畜中毒。像黄曲霉毒素主要污染花生、玉米和棉籽油等，它可诱发肝癌和身体其他部位的肿瘤；呕吐毒素污染小麦后可使人发生醉谷病；玉米赤霉希酮主要污染玉米，它具有生殖发育毒性。
（3）病毒：病毒是由核酸与蛋白质构成的非细胞形态的寄生生命体，常见的易导致食品安全问题的病毒有甲型肝炎病毒和未分型肝炎病毒、轮状病毒、诺若病毒等。1987年上海甲肝爆发是由于人吃了被甲型肝炎病毒污染的毛蚶造成的。2012年年底，诺若病毒席卷英国，一周内有近7万人感染。
（4）寄生虫病：常见的有原生动物（如溶组织阿米巴、鞭毛虫等）和绦虫（生物绦虫或某些吸虫、线虫等）造成的危害。像老百姓平常说的米猪肉,又称豆猪肉,是猪感染了绦虫造成的。2006年北京市场消费者因食用福寿螺导致管圆线虫感染即为典型的寄生虫病。
（5）昆虫：包括蝇类、蟑螂和螨类等造成的危害。
（6）有毒动物：在我国主要是河豚鱼，河豚鱼味道鲜美，但由于其含有剧毒，民间有拼死吃河豚的说法，可见食用河豚鱼要冒生命危险.
（7）有毒植物：主要包括毒蕈，俗称毒蘑菇,您可千万别以为吃了毒蘑菇只是呕吐，有的蘑菇含有剧毒，甚至会致死。其他的还有发芽的土豆、未煮熟的四季豆、有毒蜂蜜和白果等。