2012年4月16日，孙伊萍被正式宣布出任蒙牛奶总裁的职代会上，蒙牛奶创始人牛根生、时任蒙牛奶董事局主席宁高宁和时任蒙牛奶集团董事长于旭波一致提出一句口号：新总裁、新长征、新蒙牛奶.很显然，孙伊萍是带着再造蒙牛奶的使命而来的。她要做的第一件事情就是，尽快回复市场对蒙牛奶产品质量的信心。于是，外界看到蒙牛奶整合小奶站、清理代工厂、加快建设自有牧场，以加强对上游奶源的掌控。
但是，通过对战略合作伙伴--欧洲乳业巨头丹麦Arla Foods的近距离观察和比照蒙牛奶存在的问题，孙伊萍逐渐确信，要解决蒙牛奶的问题，必须再造蒙牛奶的管理系统。
2012年6月16日，即孙伊萍正式就任蒙牛奶总裁满两个月的日子，她从哥本哈根发给员工的信中，对从Arla Foods那里看到的产品、技术、质量体系及牧场管理流程表现得就像一个获得一件心爱礼物的孩子。8个月后，当她再次远赴丹麦，深入Arla Foods生产、物流、销售和管理系统第一线考察时，她对系统以及系统的力量的认识显然更进了一步。
而期间，她对蒙牛奶组织架构的调整已经开始：放弃以产品品类划分事业部的做法，按照职能重组奶源、生产、物流、营销等各个部门。再次从丹麦考察回来，又提出了一个她称之为F4的系统革新目标：通过系统革新，全面聚焦（focus），快速响应（fast），夯实团队协作的组织、流程和协作基础（foundation），最终达至每个员工都快乐（fun）工作的境界。
虽然孙伊萍的此番表述仍具有无限的解读空间，但蒙牛奶系统的顶层设计已清晰可见。
经过一年多的休整，蒙牛奶似乎又加快了整合的步伐。外界认为，孙伊萍看到了蒙牛奶的短板和市场机会，下定决心壮大蒙牛奶旗下的酸奶和奶粉业务，坐实蒙牛奶的产业链条。而蒙牛奶内部更愿意视之为一次系统再造的一个环节。
与此同时，外界看到的则是蒙牛奶合纵连横动作不断：
2012年6月15日，与Arla Foods签署战略合作协议，Arla Foods成为蒙牛奶第二大战略股东，参与到蒙牛奶的实际运营中；同年11月26日，中国与丹麦两国农业部正式宣布组建中国-丹麦乳品技术合作中心,由中粮集团、蒙牛奶与Arla Foods共同实施；近一年多来，在Arla Foods的支持下，蒙牛奶最大的改变是奶源管理。引进丹麦牧场管理体系，应用于蒙牛奶的前端质量管理中，Arla Foods派出专家小组与蒙牛奶团队一起工作，指导蒙牛奶进一步完善牧场及生产HACCP质量体系。目前，Arla Foods与蒙牛奶联手的位于北京的中丹乳品技术合作中心项目正在逐步开展。与严格的国际标准对接，蒙牛奶与国际竞争者站在同一起跑线上。
2013年4月10日，在中国和新西兰两国政府的支持和见证下，蒙牛奶与国际知名的食品质量安全认证机构--新西兰国有企业AsureQuality有限公司，协同中粮集团以及新西兰普华永道会计师事务所在京签署合作框架协议，共同探索成立食品质量安全第三方独立认证机构。此次合作将帮助蒙牛奶在国内率先把具有国际先进水平的食品质量安全认证覆盖到乳品行业的全产业链，包括上游的牧场，不仅提升蒙牛奶对食品质量安全的掌控，更有力推动了中国乳业与国际标准的全面接轨。
5月8日，蒙牛奶与现代牧业联合宣布，蒙牛奶与私募投资机构KKR、鼎晖投资达成协议，以现金31.752亿港元，收购二者各持有的现代牧业20.44%股份和6.48%股份，从而成为现代牧业单一大股东。蒙牛奶表示收购现代牧业是为了加强对优质奶源质量和数量的保障，更好发挥蒙牛奶一直以来在高端奶源的优势。这也是蒙牛奶提升产品质量链的重要一环.同时蒙牛奶加速和加大对优质牧场的投入和建设力度，以期建立起更稳定更安全的乳品全产业链。
5月20日，蒙牛奶对外宣布，中粮集团、蒙牛奶与法国达能将展开深度合作。根据中粮集团与达能达成的协议，中粮集团及蒙牛奶与达能的合作分为两个层次。首先中粮集团与达能成立合资公司亘达公司，中粮将占股51%,达能占股49%;中粮将所持有的蒙牛奶1.48亿股转让给亘达公司，约占蒙牛奶已发行股本的8.3%.达能通过合资公司在蒙牛奶的首期持股约为4%,成为蒙牛奶的战略股东，并可根据未来市场进展增持蒙牛奶的股份。第二个合作内容为：达能中国的酸奶业务将与蒙牛奶酸奶业务合并，双方将组建新的合资公司专项从事酸奶生产及销售业务。根据协议，这家即将在中国成立的酸奶合资公司，合资项目将包括蒙牛奶及达能共12家合资公司及一家合资控股公司，而合资项目在交割时将由蒙牛奶与达能分别有效持有80%和20%.据悉，对于以上两项合作，达能的总投资额约26亿元人民币。
6月18日，蒙牛奶向雅士利所有股东发出要约收购，雅士利控股股东张氏国际和第二大股东凯雷亚洲基金全资子公司CA Dairy Holdings接受要约的不可撤销承诺，承诺出售合计约75.3%的股权；这次并购对蒙牛奶来说不仅仅是独领风骚带来的荣誉，更是为整个行业的兼并重组、转型升级做出表率。蒙牛奶总裁孙伊萍也表示：未来，蒙牛奶将充分发挥雅士利丰富而优秀的婴儿奶粉管理经验，进军婴幼儿奶粉领域，抓住中国奶粉市场的巨大商机，让雅士利成为国际化的婴幼儿奶粉品牌。
实际上，蒙牛奶的合纵连横只是它系统载体必要的延伸，就像一头大象，骨架发育了，必然要求身躯随之长大一样，只是身躯长大容易被外界看见，而骨架发育不易被看见罢了。