低温贮藏番木瓜果实，可以延长贮藏寿命，因此，这种贮藏方法特别适合于远途地面运输和远距离市场销售的需要。低温贮藏是把经热水浸果、熏蒸或辐射处理后的番木瓜，立即转移到大约13℃温度的贮藏库或运输车箱内，在这个温度下，番木瓜一般能够贮藏2—3周时间，在以后移置室温下后熟时能够正常后熟，保持果实品质。
低温处理的番木瓜，要求至少在开始变黄的成熟阶段采收比较合适，因为这个阶段的番木瓜对冷害比较不敏感。
与低温贮藏相结合的几个实验说明，低压贮藏可以减少番木瓜果实腐烂的发展，但仅是在抑制病菌的生长方面起到作用；其他一些气调贮藏是在低温下和1%—1.5%含氧量的控制气体条件下，获得延长为数不多的贮藏时间。这些实验都需要与传统的采后处理、热处理、杀菌剂处理和冷藏条件相配合，而附加的低压或气调实验提高了成本经费，故在商业实践上尚末使用。
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